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摘要

将多元函数的变尺度法与两电子密度图的相关系数相结合,得到一种能够对蛋白质晶体结构进行刚体优化的新方法.初步测试结果表明,该方法能够明显地改善待测晶体的初始模型在晶胞中的取向和位置.而与最大似然方法相比,该方法可能更适用于搜索空间中存在大量局域极值点的情况.

关键词:

A new rigid-body refinement method for protein crystal structures is described. It is based on "Variable Metric Methods in Multidimensions" and "the Electron Density Map Correlation Coefficient". Test shows that the orientation and translation of the initial models can be improved effectively by this new method. And it can escape from the local extremum and reach the global optimum more easily than the maximum likelihood method when the search space has a large number of local extremum points.

Keywords:

作者及机构信息

丁玮,
江凡

1.

基金项目:国家自然科学基金(批准号:10674172,10874229)资助的课题.

Authors and contacts

Ding Wei,
Jiang Fan

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参考文献

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[12]
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施引文献

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[5]
[6]
[7]
[8]
[9]
[10]
[11]
[12]
[13]
[14]
[15]
[16]
[17]
[18]
[19]
[20]
[21]
[22]
[23]
[24]

[1]	杨添, 欧阳颀.利用冷冻电镜研究蛋白质机器的非平衡统计物理. 必威体育下载 , 2024, 73(13): 138701.doi:10.7498/aps.73.20240592
[2]	张嘉晖.蛋白质计算中的机器学习. 必威体育下载 , 2024, 73(6): 069301.doi:10.7498/aps.73.20231618
[3]	汤天一, 熊翊名, 张睿格, 张建, 李文飞, 王骏, 王炜.融合结构知识的蛋白质预训练模型进展. 必威体育下载 , 2024, 0(0): .doi:10.7498/aps.73.20240811
[4]	陈光临, 张志勇.使用中间层受监督的自编码器探索蛋白质的构象空间. 必威体育下载 , 2023, 72(24): 248705.doi:10.7498/aps.72.20231060
[5]	罗方芳, 蔡志涛, 黄艳东.蛋白质pK_a预测模型研究进展. 必威体育下载 , 2023, 72(24): 248704.doi:10.7498/aps.72.20231356
[6]	刘栋, 崔新月, 王浩东, 张贵军.蛋白质结构模型质量评估方法综述. 必威体育下载 , 2023, 72(24): 248702.doi:10.7498/aps.72.20231071
[7]	刘春杰, 赵新军, 高志福, 蒋中英.高分子混合刷吸附/脱附蛋白质的模型化研究. 必威体育下载 , 2021, 70(22): 224701.doi:10.7498/aps.70.20211219
[8]	史晨阳, 闵光宗, 刘向阳.蛋白质基忆阻器研究进展. 必威体育下载 , 2020, 69(17): 178702.doi:10.7498/aps.69.20200617
[9]	张鹏程, 方文玉, 鲍磊, 康文斌.蛋白质“液-液相分离”的理论和计算方法进展. 必威体育下载 , 2020, 69(13): 138701.doi:10.7498/aps.69.20200438
[10]	邓海游, 贾亚, 张阳.蛋白质结构预测. 必威体育下载 , 2016, 65(17): 178701.doi:10.7498/aps.65.178701
[11]	袁飞, 张传彪, 周昕, 黎明.基于氨基酸位置特异性的蛋白质Loop区结构预测改进方法. 必威体育下载 , 2016, 65(15): 158701.doi:10.7498/aps.65.158701
[12]	万茜, 周进, 刘曾荣.蛋白质相互作用网络特征的理论再现. 必威体育下载 , 2012, 61(1): 010203.doi:10.7498/aps.61.010203
[13]	丁光涛.一维变系数耗散系统Lagrange函数和Hamilton函数的新构造方法. 必威体育下载 , 2011, 60(4): 044503.doi:10.7498/aps.60.044503
[14]	王海民, 马建敏, 张文.两个等径蛋白质气泡在Bingham流体中振动特性. 必威体育下载 , 2010, 59(1): 401-410.doi:10.7498/aps.59.401
[15]	李健, 宋功保, 王美丽, 张宝述.Ti1－xCrxO2±δ体系的相关系、晶体结构和磁性能研究. 必威体育下载 , 2007, 56(6): 3379-3387.doi:10.7498/aps.56.3379
[16]	姜可宇, 蔡志明.变尺度概率净化法的优化. 必威体育下载 , 2005, 54(10): 4596-4601.doi:10.7498/aps.54.4596
[17]	阳世新, 李方华, 刘玉东, 古元新, 范海福.直接法应用于蛋白质二维晶体的电子晶体学图像处理. 必威体育下载 , 2000, 49(10): 1982-1987.doi:10.7498/aps.49.1982
[18]	闫循领, 董瑞新, 王伯运.α螺旋蛋白质螺旋线模型的耦合孤立子. 必威体育下载 , 1999, 48(4): 751-756.doi:10.7498/aps.48.751
[19]	阎循领, 董瑞新, 王伯运, 胡海泉, 徐炳振.α螺旋蛋白质分子Raman光谱的选择定则. 必威体育下载 , 1998, 47(12): 1963-1967.doi:10.7498/aps.47.1963
[20]	范海福.对映相位双解和变型分量关系式——直接法在测定蛋白质晶体结构中的应用. 必威体育下载 , 1984, 33(3): 399-407.doi:10.7498/aps.33.399

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